II. Errepublikaren garaian Espainiako Justizia Ministerioak Jesusen Lagundia desegin ondoren, Loiolan zeuden jesuitak bertako Santutegia uztera behartuak izan ziren. Orduan sortu zen Eusko Gudarostea, Euskal Erkidegoa babesteko gunea bezala antolatzeko ideia.
Asmo hura forma hartzen hasi zen, eta berehala hasi ziren gudari izateko prest zeuden boluntario gazteak hara hurbiltzen. Hori horrela, gazte azkoitiar asko agertu zen Loiolara. 36ko gerrari bide eman zion altxamendua 1936ko uztailaren 18an gertatu zen, eta handik bi egunera, kapitain batzuk, tartean zituen militar taldea eta EAJko zuzendaritzako kide batzuk, joan ziren Donostiatik Loiolara, han bildutako gazte kopuru handi hura antolatzeko asmoarekin. Orduan sortu zen Eusko Gudarostea, hau da, Loiolakoa izan zen horien lehen guda etxea. Garai hartan, borrokatzeko behar ziren armekin arazo handia izan zuten Loiolan, gerrarako arma egokirik ez baitzuten. Horietatik aipagarrienak hauek izan ziren: hara hurreratutako gazteek emandako 12 kalibreko eskopeta batzuk, 500 metrailadore txekiar eta beste zenbait arma. Baina arazo handi bat zegoen, muniziorik ez baitzuten. Beraz, gudariak gogotsu zeuden faxistei aurre egiteko, baina ez zeuden ondo antolatutako armada bati kontra egiteko prestatuta. Gero, arma egokiak eraman zituztenean, gerra frontea zegoen lekura joaten hasi ziren Eusko Gudarosteko lehen gudariak. Dena den, berehala iritsi zen Loiolako gudariak handik ebakuatzeko premia, 1936ko irailaren 20an faxistek hartu baitzuten Urola bailarako eremu hori.
EAJko Eusko Gudarostearen zutarria Euzko Mendigoxale Batzako (EMB) partaideek osatzen zuten eta, horiek oso modu eraginkorrean hartu zuten parte gatazkan. 1921eko apirilaren 3an, abertzale eta mendizale mordoa bildu zen —Bizkaiko 18 talde, Gipuzkoako 10 eta Arabako bat—, eta Kalamua gainetik pasatu ondoren Arraten bildu ziren, hantxe sortu baitzen ofizialki Euzko Mendigoxale Batza. EMB erakunde abertzale bat izan zen, Euzko Gaztedi erakundearen barnean egon zelarik bere hastapenetan. EMBko kideek ez zituzten goi mendiak jomuga, izenak horrela badio ere. Horien jarduna txangoetan ideia nazionalistak zabaltzea, aldizkariak eta esku-orriak banatzea, mitinak antolatzea eta antzeko eginkizunak ziren. Baina denborarekin, Euskal Mendigoxale Batza nazionalismoaren alderdi erradikalena izan zen, eta euskal aberriaren defentsan gerrara deituak izan zirenean, beren ehizarako eskopetekin armatuta, 5.000 mendigoizale elkartu ziren Artxandako desfilean parte hartzeko.
1936ko azaroaren 7an Eusko Gudarosteak Aginte Nagusia sortu zuen. Hilabete horretan 27 batailoi (25.000 lagun inguru) zituen, eta 4 hilabete geroago 75.000 kide inguru zituen guztira, horietatik 45.000 frontean. Izan ere, hasieran, Eusko Gudarostea EAJko miliziek bakarrik osatu zuten, baina Euskadiren Autonomia Estatutua onartu eta zazpi hilabetera, Jose Antonio Agirre lehendakariak Eusko Armadako buruzagi edo komandante izendatu zuen bere burua. Harrezkero, ideologia desberdinetako batailoiek hartu zuten parte. Guda garaian, 1937ko apirila bukaeran, Eusko Gudarosteak 80 batailoi zituen: (EAJ-25 batailoi), (PSOE eta UGT-11 batailoi), (JSU-9 batailoi), (EPK-8 batailoi), (CNT-7 batailoi), (IR-5 batailoi), (ANV-4 batailoi), (ELA - 1 batailoi), (Jagi Jagi – Euzko Mendigoizale Batza-2 batailoi), (Unión Republicana- batailoi bat) eta (Ofizialak -7 batailoi). Beraz, garai horretan, abertzaleek 32 batailoi zituzten.
Miguel Soreasu, ezkerretik lehena, Markinako frontean.
Azkoitiar gudari gehienek Amaiur eta Itxarkundia batailoietan borrokatu zuten, baina beste batailoi batzuetan gudukatutakoak ere izan ziren. Bi batailoi horiek 1936ko irailaren amaieran eratu ziren, eta EAJren diziplina barruan egonda, Eusko Gudarosteko milizien parte ziren. Itxarkundia batailoia Gernikan sortu zen, Gipuzkoatik joandako gudariak oinarri hartuta. Hasierako nukleoa Loiolatik joandako miliziek osatzen zuten, beraz, gehienak Gipuzkoakoak ziren. Amaiur batailoia Mundakan sortu zen, eta hura osatzen zuten gudari gehienak ere gipuzkoarrak ziren. Itxarkundia batailoian, besteak beste, Iñaki Isasmendi Ardixe, Jabier Larrañaga Txanton, Eusebio Alkorta Iturbe, Jose Ignacio Alberdi Uria eta Jose Miguel Alberdi Alberdi gudari azkoitiarrek hartu zuten parte. Amaiur batailoian parte hartu zuten gudari azkoitiarrak, berriz, Xanti Aingeruguarda, Jose Jandalo, Miguel Patxi Putre, Imanol Boni, Joxe Mari Egiño, Labandarieneko bikiak, Teodoro Juaristi Larrañaga, Joxe Leisti, Rufino Xakarro, Antonio Portu, Nikaxio Enbortxo, Joxe Mari Elormendi, Imanol Putre, Koldo Enbortxo, Bixente Pelaje, Miguel Aranbarri Romarate, Iñaki Pertxune, Antonio Azalgorreta, Joxe Azkoitia Albitxuri, Jesus Arizmendi Antxite, Hilario Legorburu Tole, Joxe Korta, Dionixio Bastarrika, Juanito Tole eta Manuel Garate Unanue Manuel Txiki izan ziren, besteak beste. Horiez gain aipa daitezke Otxandiano batailoian borrokatu zuen Miguel Soreasu Badiola, Orden Público batailoikoa zen Manuel Garate Lersundi eta U.H.P-ko batailoian borrokatu zen Antonio Izagirre Epelde.
Azkoitiar gudari asko izan zen faxisten aurka borrokatzen bizitza galdu zutenak. 1936ko irailaren 2an hil zuten lehen gudari azkoitiarra: Jose Joakin Egaña Uria zen, eta Egurbide baserrian jaioa zen. Dirudienez, Asteasu aldetik zebilela beste hiru gudarirekin Larraulgo udaletxera joan zen ikurrina jartzera, eta horretan zebilela tirokatu zuten hurrean zebiltzan erreketeek; Jose Migel Alberdi Alberdi Kale Nagusiko 30 zenbakidun etxean jaiotako errementari azkoitiarra Intxarkundia batailoiko gudaria izan zen, eta Segovian ibili zen, Madrilgo frontean. Han atxilotu eta Segoviako San Rafael sektorean fusilatu zuten, 1938ko martxoan; Antonio Izagirre Epelde Kale Nagusiko 88 zenbakia duen etxean jaio zen, eta U.H.P-ko batailoian aritu zen borrokan. Santander aldean atxilotu eta Dueso eta Larrinagako espetxeetan eduki ondoren, Derioko kanposantuan fusilatu zuten, 19 urte zituela; beste hiru azkoitiar Asturiasen hil zituzten. Amaiur batailoiko hiru gudari horiek Manuel Garate Unanue Manuel txiki, Jesus Arizmendi Aizpuru Antxite eta Julian Izagirre Panadero ziren. Horietatik lehena Manuel Txiki izan zen, 1935ean, Azkoitiko Etxe Zuri baserriko teilatu gainean zuhaitz adarra eta ikurrina jarri zituena. Hiru gudari azkoitiar horien gorpuak Asturiastik Gernikara eraman zituzten eta, bertan herriko kaleetatik zehar ikurrin handi batez bilduta eraman ondoren, Euskal Herriaren alde bizia eman zutenentzat prestatuta zuten leku berezian hilobiratu zituzten. Dena den, faxistek Gernika hartu zutenean, agintari berrien agindua zela eta, gorpu haiek hilobi berezi hartatik atera eta kanposantuko hormatik kanpora lurperatu zituzten. Esan behar da Manuel Txiki izan zela, Iñaki Isasmendi Ardixekin batera, Azkoitiko gudarien artean guda mailarik handiena lortzera heldu zena, biak Teniente izatera heldu baitziren.
InĚaki Isasmendi, Itxarkundiako gudari azkoitiarra.
Aipatutako gudari hauetaz aparte, beste azkoitiar askok galdu zuten bizia gerra anker hartan. Hona horietako batzuen izenak: Guillermo Alberdi Xarra, Luis Alberdi Arripuxketa, Luis Alberdi Xeme, Francisco Arregi Canovas, Jose Maria Arrieta Torre, Jose Arriola Kaminburu, Jose Arrizabalaga Ebro, Jose Astigarraga Katalotza, Jose Azkoitia Albitxuri, Iñaki Baztarrika Berde, Jose Beristain Pallona, Jose Elorza Txapel, Paulo Etxaniz Frantziskotar aita, Manuel Garate Lersundi, Benito Garate Mokoroa, Jesus Iturbe Intxausti, Jose Maria Larramendi, Jose Maria Larrañaga Kortatxo, Manuel Larrañaga Labe, Manuel Larrañaga Pipillo, Nicasio Larrañaga Enbortxo, Ignacio Zuazola Kamiñero, Jose Maria Zuazolazigorraga, Ruperto Zuazolazigorraga, Fermin Zubizarreta Bolante, Florentin Zubizarreta eta Victor Zubizarreta Santue.
Gudariak ez ziren beste azkoitiar asko ere hil zituzten, horien erru bakarra abertzale izatea izanda. Jose Francisco Etxaniz Azpiazu eta Pedro Mari Uria Astigarraga dira horietako bi. Lehena Aingeru Guardako 7 zenbakia zuen etxean jaio zen, eta bigarrena Egino Zahar baserrian, gero Oñatibia baserrira joan bazen ere bizitzera. Egun berean atxilotu zituzten biak, eta lehen bi egunak Azkoitian eduki ondoren Donostiara eraman zituzten, egun gutxitara aske uzteko. Etxera zetozela, zain zituzten aske utzi zituztela ondo zekiten azpeitiar batzuk, eta berriro atxilo hartu ondoren, Urrestillara eraman eta han erail zituzten biak aitzur batekin. Jose Franciscok 41 urte eta Pedro Marik 36 urte zituzten hil zituztenean. Jose Migel Arzalluz Garmendia azkoitiarra ere abertzalea izate hutsagatik erail zuten faxistek, Nafarroako Caseda herrian lanean ari zela gerrateak bertan harrapatu ondoren.
Gutxienez 71 azkoitiar hil ziren bando nazionalean borrokatuz, eta beste 42 azkoitiar hil ziren errepublikanoen taldean borroka eginez. Azkoitiak zazpi mila biztanle inguru zituen sasoi hartan, eta horietatik 113 mutil gazte hil ziren gerra hartan. Azkoitiko herria karlista eta faxisten esku geratu ondoren, bando nazionalean gudukatutako hildakoentzat dena zen laguntza, dena babesa. Ez zuten tratu bera izan gudan hildako gudari abertzaleentzat edo haien familientzat, haientzat ez baitzen inoiz inolako laguntzarik izan. Herriko agintariek eta bertako karlista sutsuenek horientzat hartutako neurri guztiek umiliazioa, debekua eta zigorra izan zituzten helburu.
Oso gerra krudela izan zen, eta Azkoitiko gudari gazteek dena eman zuten beren aberriaren alde, kasu batzuetan baita bizitza ere. Eusko Gudarostearen ereserkia izan zenak eta denborarekin euskal soldaduaren ereserki bihurtuko zenak, Eusko gudariak abestiak, ondo asko laburbiltzen du gudari horien balentria eta abertzaletasuna.