Lehen Gerra Karlista amaitu eta hogeita hamabi urte beranduago, 1872an, Bigarren Gerra Karlista piztu zen. Bitarte horretan gertakari liskartsu bat edo beste izan zen inguru hauetan, baina ez zen konfrontazio seriorik izan. Bigarrengo Karlistaldia hasi baino bi urte lehenago, Azkoitiko eta Azpeitiko 500 lagun inguru ibili ziren Gipuzkoa eta Bizkaian, aurreko Gerra Karlistatik gordeta zituzten armekin. Azkoitian bertan ere, etxe partikularretan ez ezik, karlistek txoko askotan gordeak zituzten armak. Besteak beste, Martirietako sakristia, Elosuko eliza eta bertako gazteluko horma zaharrak, Matadeixe, Balda etxea eta Txalintxoko bordak aipa ditzakegu.
Lehen eta bigarren karlistaldien artean, bake erlatiboko hogeita hamabi urte bizi izan ziren liberalen eta karlisten arteko borrokan, baina Carlosen bat-bateko heriotzak, 1861ean, nahasmendua eragin zuen karlisten artean, bere oinordekoa, bere anaia Juan, liberal deklaratua baitzen. Urte horietan, alderdi karlistaren buru Beirako printzesa izan zen, Carlos V.a lehen erregegai karlistaren alarguna. 1868ko iraultza medio, Isabel II.a Espainiatik irtetera behartua egon zen, eta gobernu iraultzaileak erregimen demokratikoa ezarri zuen Espainian, ondoren, errege bezala, Saboiako Amadeo liberala hautatzen zutelarik. Horren ondorioz, Carlos VII.a, Elizaren eta Estatuaren banaketaren, kultu-askatasunaren eta iraultzaileek inposatu zuten hezkuntza laiko eta arrazionalistaren alternatiba bihurtu zen. 1871ko Espainiako parlamenturako bozketetan liberalek irabazi zuten, eta karlisten alderdia hirugarren indar bozkatuena izan zen. Carlos VII.ak hautestontzien bidetik irabazi ez zuenez, erregimen tradizionalista, katolikoa eta liberalen aurkako aukera bultzatuko zuen altxamendu berri bat egitea izan zuen aukera bakarra. Hemen, Euskal Herrian, foruen defentsak bai, baina katolizismoaren defentsak ekarri zuen gehien bat gerran sartzeko alderdi karlistaren sendotzea.
Bigarrengo Gerra Karlistan, azkoitiar asko altxatu zen karlisten bandoarekin. Mendietan babestu ziren, eta askotan izan ziren tropa liberalekin aurrez aurre. 1873ko otsailaren 20an, karlista taldeak heldu ziren Azkoitira, bertan zeuden karabineroei kontra egitera. 06:00etatik 09:00etara tiroka jardun ondoren, ordea, ihes egin behar izan zuten, liberal talde handi bat bertaratu zenean. Urte bereko abuztuaren 17an sartu ziren berriro ere partida karlistak Azkoitian, bertako egoeraren jabe eginez. Bi egun geroago, Antonio Lizarraga komandante jeneral karlistak bidalitako gutuna irakurri zen udalbatzarrean. Bertan, udaleko agintariak aldatzeko agindua eman zuen, alkate moduan Fermin Odriozola eta kontzejal bezala beste herritar batzuk izendatuz. Egun batzuk geroago, jeneral berak eskaera bat egin zien herriko agintariei: tropa karlistentzat dirua eskatu eta horretarako sei eguneko epea eman zuen, bestela isunak jarriko zizkietela mehatxatuz. Berdin zen karlisten edo liberalen menpean egon herria, herritarrek laguntza eman beharko zuten edonola ere.
Azkoitiko karlistak Bigarren Karlistaldiko gertakari eta pasarte askoren protagonista izan ziren. Horietako batean, Azkoitiko liberalak Azpeitira joan ez zitezen, Azkoitiko partida karlistak herriko puntu estrategiko batzuetara bidali zituzten. Uria abizeneko karlista azkoitiarra Baldan kokatu zen 50 mutilekin; Manuel Bastarrika San Martingo dorrean kokatu zen 20 mutilekin; eta Ambrus famatua, Altzibarren geratu zen. Egun hartan, pasatu zitekeenarekin, ez zen ezer pasa, parrokian bi ezkontza ospatzen baitziren, eta ezkonberriak eliz aurreko zubitik irteterakoan tirokatu egin baitzituzten, beltzak “liberalak” zirelakoan. Inor ez zen kaltetua izan. Asko izan ziren karlisten bandoan agintari militar garrantzitsuak izatera iritsi ziren azkoitiarrak. Besteak beste, honako hauek aipa ditzakegu: Carlos Alkorta, Somorrostroko setioan hil zen Jenerala; Sebastian Aldalur Iriarte tenientea, musikari famatua; Ambrosio Aranbarri Agirre Ambrus, Konpainiako Kapitaina ospetsua; Jose Tomas Etxaniz tenientea, eta zatiketa integristaren ondoren karlismoari leial mantendu zen azkoitiar bakarrenetakoa; Isidro Uria, kapitaina. Buruzagi karlista azkoitiar gehiago izan ziren, baita karlisten bandoan gudu eta borroka desberdinetan parte hartu zuten herritarrak ere: Ugarte-Igarako Mariano, Meliton, Fray Jose Mari (Donostiako kaputxinoen sakristaua), Pedro Alberdi Olantxo, Eujenio Nordekua, Antonio Alberdi, Bixente Etxaniz, Arretxekoa, Miguel Beloki (Azkoitiko kapilaua), Zeler eta Zumeta baserriko Jose Luis Iraeta Badiola, besteak beste. Bestalde, beti entzun izan da Bigarren Gerra Karlistan Etxe Beltz eraikina setiatua izan zela eta gero su eman ziotela, baina badirudi hori ez dela benetan gertatutakoa. Itxura denez, bere garaian, Plazaberrira ematen zuen ate nagusiaren parean sutea izan zen ez dakigun arrazoi batengatik, eta fatxada txukuntzeko, galipota emanez belztea erabaki zen hasiera batean, baina pintura beltz berezi batekin pintatu zen gerora.
Santa Kruz apaiz ospetsuaren partidetan ere ibili ziren mutil azkoitiarrak. Apaiz karlista hura Azkoitiko Martirietan aurkeztu zen lehen aldiz jeneral gerrillari moduan, beste 24 gazteren buru zela. Bere partidak bandera beltz bat zeraman, Elorrioko mojen burezur bat eta Guerra sin cuartel leloa brodatuak zeramatzana, hain zuzen ere. Gure herrian bizi izan ziren hainbeste liskarretako batean, Santa Kruz apaizaren partida bateko mutilak Ambrus karlista azkoitiar ezagunaren etxean sartu ziren, plazako Leturiondo etxean zeuden liberalei tiro egiteko. Beste batean, Santa Kruz apaiza Martirietako Zendoia baserrira joan zen bere partidetarako mutil bila, eta bertako morroiari Larrume baserrira joateko esan omen zion, hango mutilei etortzeko esateko, haiek kontrabandoan ibiltzen zirela eta, gerrarako prestatzeko. Santa Kruz apaizak indar handia eta jarraitzaile asko izan zituen hemen inguruan, Martirieta auzoan batik bat; bertako sakristian ere ezkutaleku bat izan zuen hark, solairu batetik bestera pasatzeko tranpa-zulo batetik sartzen zena. Izan ere, aldi hartan Martirietan egon zen apaiza ere karlista porrokatua zen, eta haren sermoi eta bestelako jardunak ere beti bide horretatik zihoazen. Hori horrela, bertako auzotarrak itsu-itsuan jarraitzen zioten apaizari. Zer esanik ez, politikak berak baino jende gehiago mugitzen zuen Elizak, garai hartan erlijioa baitzen gizarte-bizitzaren oinarria, eta hori gerraren eguneroko bizitzan islatzen zen. Adibide anekdotiko gisa Antonio Alberdi azkoitiarraren kasua aipa daiteke: Jose Inocencio Emparan Erice teniente azpeitiarraren aginduz, 25 makilaka jaso zituen hark, arratsaldeko arrosariora ez azaltzeagatik.
Balda etxea. Eraikin hori armak gordetzeko erabili zuten karlistek.
Bigarren Gerra Karlista bukatu eta berehala, 1876ko martxoaren 4an, liberalek udalbatzar berria ezarri zuten herrian, orduko gobernu karlista kenduz. Joakin Leturiondo ipini zuten alkate moduan, eta udalbatzarra osatzeko, beste batzuen artean, Jose Mari Hurtado Mendoza, Luis Hurtado Mendoza eta Antonio Altuna ipini zituzten. Aukeratutako pertsonen abizenak ikustea besterik ez dago liberalek bertako jauntxoak herria gobernatzeko hautatu zituztela ohartzeko. Ikus daiteke, baita ere, Azkoitiko Hurtokuk beti liberalen alde agertu zirela.
Gerra amaitu zenetik lau hilabete baino gehiago igaro ez zirenean, 1876ko uztailaren 21ean, Canovas del Castilloren gobernu “alfonsinoak” Hego Euskal Herrian 500 urte baino gehiagoz indarrean egon ziren foruak edo autogobernu-arauak indargabetzea agindu zuen. Balizko desordenak saihesteko, lege martziala aldarrikatu zen eta 40.000 gizoneko indar batek Hego Euskal Herria okupatu zuen. Foruak indargabetzeak hainbat ondorio eragin zituen Euskal Herrian, hala nola euskal herritarrek zergak estatuari ordaindu eta gizon guztiak Espainiako ejertzitoan soldaduska egin behar izana. Hori horrela, gerra bukatu ondoren, 15.000 euskal karlista erbesteratu ziren Iparraldera, eta horietako askok Ameriketako bidea hartu zuten ondoren. Haien artean azkoitiar asko ziren, haiek ere Atlantikoa zeharkatu eta aberasten saiatzea nahiago baitzuten Marokoko ondar beroetan edo Kuba eta Filipinetako uharteetan Espainiagatik hiltzea baino. Dena den, azkoitiar mordoxka hil zen Kubako eta Filipinetako gerretan, eta askoz gehiago ziren gerra haietatik zaurituta eta gaixo bueltatu zirenak.
Bi Gerra Karlistetan Azkoitiko herriak garrantzia handia izan zuen, intentsitate handiarekin bizi izan zituen urte haiek, eta gerran izandako jokabideagatik herri oso bati ezartzen zitzaion zigor kolektibotzat hartu zuen herriak bertako foruen abolizioa. Hori horrela, ondorengo belaunaldietan hazi egin zen euskal nortasunaren sentimendua, eta mende amaieran nazionalismoaren etorrerarekin batera beste etapa bat hasi zen herriaren askatasuna lortzeko bidean.
Eliz ataria, artxiboko irudi batean. Liberalak zirela pentsatuta, ezkonberriak hango zubitik irteterakoan tirokatu zituzten karlistek.