Arkeologia, hein handi baten, duela gutxira arte historiaurreari eta antzinaroari soilik lotuta egon bada ere, hirietako aztarnak arakatzen dituen arkeologia esparruak garrantzi handia hartu du azken hamarkadetan. Azkoitiko herriak ere baditu bere mugen barruan antzinako biztanleek utzitako hainbat arrasto ezkutu, eta interesgarria litzateke azken hamarkadetan egindako aurkikuntzen berri ematea herritarrei.
Munoaundin egiten ari diren indusketak alde batera utzita, Altamirakoak dira herrian aurkitutako eraikin aztarna zaharrenak. Altamirako muinoan urbanizazio proiektua aurrera eramateko, Altamira baserria eta muinoa bera ere desagertu egin ziren etxebizitzak eta aisiarako guneak eraikitzean. Bertan interbentzio arkeologiko bat egin zen, eta lan horiei esker, aire zabaleko bizileku baten hondakinak aurkitu ziren Altamira muinoko mendebaldeko gainaldean, erreka-harriz eginiko zoru antzeko baten gainean. Eskuz landutako zeramika zatiak eta metalezko zepa hondakin ugari ere aurkitu zituzten, eta lehenen ezaugarriei erreparatzen badiegu, aztarnategia Burdin Aroko finkamendu bat zela eta bertan prozesu metalurgikoek garrantzi handia izan zutela pentsa daiteke. Testuinguru honetan, Altamiran aurkitutako finkamendua izan liteke San Martingo herri-gunearen jatorri zaharrena. Zoritxarrez, aztarnategia suntsitu egin zuten indusketak amaitu aurretik.
San Martingo ermitan aurkitutako aztarnak dira herrian aurkitutako zaharrenak. Muino sakratua, erlijio eraikin baten barruan egokitu zen, arrasto guztien arabera, egungo herriaren jatorrizko parrokia dena. Bertan zegoen hilerriaren parterik handiena eraitsia izan zen ermitaren eraikina eraberritu zenean, XVI. mendean, alegia. Azken hamarkadetan eraikinak izan dituen erabilera desberdinek ere eraberritze desberdinak eragin dituzte: Lazaretoa, tuberkulosi-gaixoentzako erietxea eta udal langileentzako etxebizitza, esate baterako. XVII. mendean koka dezakegun eraikuntzak aldaketa handiak izan ditu, kanpandorreak eta seroretxeak izan ezik. Bertako aurkikuntzek, errausketarako ontziak adibidez, finkamenduaren okupazio aldi aurretiago batera garamatzate, erromatarren garaiko nekropoli batera hain zuzen, haren kontserbazio egoera kaxkarra bada ere. Hileta eginkizunetarako erabiltzen ziren zeramikaz eginiko zazpi ontzi aurkitu zituzten, eta horien barnean, kiskalitako hezur hondakinak antzematen ziren. Harri naturalean zulatutako hilobiak ere azaldu ziren, horietako bat neurri txikikoa eta haur baten ehorzketaren arrastoak agerian zituena. Ehorzketekin batera, tresna lagin multzo bat ere azaldu zen azpiko lurra aztertzerakoan: beira puskak nagusiki, baina aipagarriak dira, era berean, beirazko pasta eta tipologiagatik erromatarren garaikotzat hartzen den burdinazko lantza mutur bat. Bertako kanpaia moldatzeko labearen aztarnak ere agertu ziren eta, baita txanponak ere, horietako gehienak XV. mendekoak.
XIV. eta XV. mendeetan batik bat, hildakoak eliza barruan hilobiratzeko usadioa nagusitu zen eta, Azkoitiko Ama Birjinaren Jasokundearen parrokian ere bertako zoruan egin ziren enterramenduak 1809. urtera arte. 1988 eta 1989 bitartean, hezetasunak zirela eta, Azkoitiko parrokiko zoru guztia altxatzeari ekin zioten. Elizaren gainazala induskatzen hasita, elizaren antzinako zorua aurkitu zuten. Lehenengo zundaketak gurutzaduran eta Rekaldeko kaperan egin ziren eta, berta, lau hilobiratze agertu ziren, guztiak ahoz gora jarrita eta ekialdera zuzenduak. Hurrengo lana elizaren atzealdeko oholtza jasotzea izan zen, eta inguru horretan 300dik gora familiaren ehorztokia aurkitu ziren. Horiek adreiluzko hormekin banatuta zeuden, eta giza aztarnen artean XVI, XVII eta XVIII. mendeetako txanpon batzuk ere agertu ziren, baita euskal zeramika herrikoiaren aztarna batzuk ere, beiratuak eta esmaltatuak zenbait.
Herriko elizetan egindako indusketekin jarraituz, ezin alde batera utzi Baldako Santa Maria eliza zenaren lurretakoak; gaur egun herriko hilerria dagoen lekuan, hain zuzen ere. Bertan egindako ikerketen emaitzek diote lehen tenplu erromaniko bat egon zela bertan, XIII. mendearen bigarren erdialdean eraikia. Jatorriz, habearte bakarreko eraikina izango zen, 12 metro inguruko zabalerarekin eta 32,65 metroko luzerarekin, biak kanpoaldetik hartuta. Eliza hari buruzko lehen erreferentzia idatziak XIV. mende hasierakoak dira, eta garai hartan, baldatarren leinuaren patronatupean zegoen. XV. mendetik aurrerako albisteek garbi adierazten dituzte baldatarren eta Gaztelako Koroaren artean liskarrak sortu zirela, garai hartan biek nahi baitzuten hiribilduko parrokia zena beren mendean edukitzea. XVI. mende hasieran, elizaren zati bat eraitsi eta parrokia orain dagoen lekura eraman zuten, eliztarrengatik gertuago zegoen leku batera, hain zuzen. Modu horretara, Baldako tenplua ermita huts gisa geratu zen. Horrela, Ama Birjinaren eliza berria eraiki zuten eta Baldako tenpluko harri batzuk erabili zituzten eraikuntza berrirako. Horren ondorioz, Baldako tenplua zena desmuntatu eta ermita soil bihurtu zuten Ama Birjina Antiguakoa gurtzeko. Hurrengo testigantza 1826koa da, eta bertan, xehetasun osoz deskribatzen da nola eraitsi zuten ermita eta bertako lur eremuak udalaren esku geratu zirela hilerria handitzeko helburuarekin. Egungo hilerrian kontserbaturiko portalea da antzinako tenplutik geratzen den bistako aztarna bakarra, eta ezin da baztertu Baldako lehen tenplu erromanikokoa izateko aukera.
Martirietako San Emeterio eta San Zeledonio ermita birmoldatzeko lan batzuk egin behar zirenez, zoladura aldaketa barne, 2000. urtean zundaketa bat egin zen ermita zaharraren hondakinak aurkitzeko, haren gainean eraiki baitzen egungoa, XVII. mendean, hain zuzen ere. Zundaketan, XIII. eta XVI. mende bitarteko txanponak agertu ziren. Ehorzketari zegokionez, gaizki kontserbaturiko eta urtebete inguru izango zuen Aro Garaikideko haur baten gorpua ere agertu zen ermitako zoladuraren azpian. Nahiz eta XVIII. mendetik aurrera konponketa lan handiak egin diren eraikinean, XVI. mendeko elementu batzuk bistan ditugu oraindik ere, besteak beste, erdi puntuko leiho bizkiak iparraldeko fatxadan eta gezi-leihoa hegoaldekoan.
Gurtza-eraikinetan egindako esku-hartze arkeologikoez gain, garai batean hiribildua inguratzen zuen harresia eta bertako hainbat eraikin esanguratsu ikertzeko jarduerak ere egin zituzten herrian. Harresiari dagokionez, haren zenbait aztarna aurkitu dira hainbat eremutan: herribilduko harresiaren aztarna da horietako bat, parrokia eta Etxe Beltz eraikinaren artean agertu zena. Esku hartze eremuaren mugetan, egungo zoladuraren azpian, harresiaren zati baten tarte bat agertu zen, lau metrotik gorako luzera zuena. Hiribilduko harresiak zuen sarreretako baten partea eratzen zuten aurkitutako estriboek, harri naturalean tailaturiko egitura batzuen hondakinek eta egungo elizaren azpitik luzatzen diren harlanduz egindako horma-egiturek. Hondakin horiez gain, zurezko egitura handi bat ere agertu zen, azken hori elkar gurutzatutako eta ziri batez lotutako bi habe tailatuek osatzen zutena.
Hiribildua inguratzen zuen harresi zaharraren arrastoekin jarraituz, haren aztarnak aurkitu dira Plazaberri eta Iriarte Margolaria kalearen arteko etxe ilaran zein udaletxearen ondoan. Egungo udaletxeko fabrikaren azpian, harresia ixten zuen itxitura zaharraren hondakinak aurkitu ziren, Portaleburu deituriko sarrerarenak, hain zuzen ere. Sarrera horri Goiko Portalea edo Bergarako Portalea ere deitzen zitzaion. Portale edo ate horretako horma bi muga-etxetan bermatzen zen bere garaian, hegoaldekoa Lorbideetxea deiturikoan (gaur egun etxe hori ez dago merkatuko zubira joateko igarobide publikoa egin baitzuten bere lekuan) eta, iparraldean, San Millango Markesaren jabetzako etxe batean. Etxe hori 1730eko hamarkadaren hasieran eraitsi zen, herriak bere Plaza Nagusian eraikitzea nahi zuen udaletxearen obrak zirela tarteko, Plazaberrin zegoena txikiegi geratu zenean.
Kale Nagusiko 77. zenbakiko etxea, Ollerokua izenez ezagutzen da. Jatorrian, etxe horrek eta alboan duen 79. zenbakidunak (Xaguenekoa) eraikin bakarra osatzen zuten, geroago bitan banatu baziren ere. Etxearen berreraikuntza lanek hura erabat eraistea eskatzen zuten. Bertako zorupean indusketak egiterakoan, Iriarte Margolaria kalera ematen duen aldean garrantzizkoa zen egitura bat azaldu zen. Etxeak jatorrian beste sarrera bat zuen alde horretan, ebakitako horma bat agertu zen. Horma horrek 3,20 metroko luzera zuen eta ondo bereizten ziren bi motatako egiturak zituen bere altueran. Landutako kareharrizko blokeekin egindako eta kareore sendoaz batutako beheko parteak 1,30 eta 1,40 metro bitarteko lodiera zuen, eta ahulagoa zen goiko hormak, 0,90 metro eta metro bete bitartekoa. Horma hura Azkoitiko hiribilduko lehen gunea ixten zuen jatorrizko harresi zatia zen eta, parrokia eta Etxe Beltz tarteko horma zatiarekin alderatuz, oso ezaugarri antzekoak zituen.
Plazaberrin, Kale Nagusiko 61. zenbakian dago Azkoitiko apaiz etxea, Parrokoarena eta Sakristaukoa izenez ere ezagutzen den eraikina. XVIII. mendean kareharrizko harlanduz eraikitako etxe hori parrokiaren burualdearen aldamenean dago. Bertan, atzealdeko hormaren paraleloan, 0,85 metro zabaleko egitura bat aurkitu zen, eta herrian zen harresiaren trazatua aintzat hartuta bertako zati bat izan liteke, baina txikia denez eta harekin loturik inolako material arkeologikorik topatu ez denez, ezin daiteke guztiz baieztatu. Dena den, apaiz etxea berritzeko obretan beste aurkikuntza garrantzitsu bat egin zen. Esku hartze hartan, parrokiko kanpandorreko tximistorratzarentzat hartune berria jartzeko zundaketa bat egin zen, eta zulaketa hartan ateratako sedimentuaren bilketak, 1703an elizako kanpandorrea eraikitzeko zimenduen erregistroa egiteko aukera eman zuen. Dirudienez, lurrak sendotasun txikia eta ur kopuru handia zuenez, lurra gogortu egin behar izan zuten zimendua behar bezala egin ahal izateko. Idatzia dago bertako haitzak ateratzen aritu zirela, eta haritzezko sei mila hesolaz gogortu zutela lurra. Haritz-hesolak elkarren kontra jarri ziren inolako tarterik gabe, eta herriko mutilik indartsuenek kolpatu zituzten lurrean sartzeko, guztia haitz bat bezain sendo geratuz. Ondoren, Txandeo eta Bastarrikako ondarrez estali ziren, kareak eragindako erreduretatik babesteko. Gero, karea eta harri txikia bota eta bi oin lodiko haritzez eta gaztainondoz egindako saretze batekin estali zuten guztia. Horren ostean, ibai harriekin egindako hamar oinetako harlangaitza gainean jarri, eta azkenik, oinarri guztia Gaintzako eta Otokorreko harriekin amaitu zuten.
Azkoitiko hornidura eta saneamendu sareen kontserbazioa eta mantentze lanak zirela eta, 2016an, kontrol arkeologiko bat egin zen Inazio Iriarte Margolaria kalean, 9 eta 23 zenbakia duten eraikinen artean, hain zuzen ere. Garai batean harresiak kanpoaldetik zuen fosa edo erretena agertu zen, hura urez beteta harresi kanpoko defentsa areagotzeko funtzioa zuena, hain zuzen ere. Babes erreten hark lau metroko zabalera zuen, eta Urola ibaitik hartuko zuen ura. Erreten horrek ibaiaren perpendikularrean eramango zuen ura, Etxe Beltz dagoen lekutik, harresiaren kanpoaldetik eta egungo elizaren azpitik igaroko zen, Inazio Iriarte Margolaria kalearen parean bira egin eta kale osoan barrena egungo Balda plazara iritsi arte. Han berriro ere bira egingo zuen, berriro Urola ibaian husteko.
XIX. mendearen erdialdean, Plazberri eremua zumardi bihurtu zuten, erdian zen etxe ilara osoa eraitsi ondoren. Bertan egindako interbentzio arkeologikoan, horma, zoru, etxarte hondakinak eta abar azaldu ziren. Guztien artean aurkikuntza aipagarriena zurezko bi egiturena da: landutako eta bertikalean egokitutako bi pilote dira, ohol eta zurez osatutako lau angeluko egitura agerian dituztela. Nahiz eta oraindik garbi ez jakin zein zen horien funtzioa, baliteke pilotaje edo antzeko baten hondakinak izatea. Formaren ezaugarriei erreparatuz gero, berriz, sagardoa ekoizteko dolareekin lotu daiteke.
Hiribildua babesten zuen harresitik kanpora zeuden eraikin zibil batzuetan ere egin dira ikerketa arkeologikoak, esate baterako, Larramendi dorrean eta Zubieta jauregian. Dokumentu zaharrek diotenez, XV. menderako jendea bizi zen Larramendi dorrean. Jauregi txiki hori Azkoitian kontserbatzen den arkitektura zibiletan zaharrena izan daiteke, eta eraikinak dorretxe zaharraren forma arkitektonikoa izan arren, funtzionaltasunari dagokionez, nekazaritza jarduerari egokitzen zitzaion. Historian zehar fatxada zaharkituak aldaketa txikiak izan arren, XIX. mendean egin zituzten ordura arteko berritze lan sakonenak, eta dorreak duela gutxi izan du eraldaketarik handiena, hotel jarduerarako egokitu zutenean.
Zubieta jauregia, berriz, Balda plazaren aurrean kokatzen da, Urola ibaiaren kontra. Gaur egun, eraikinak beheko solairua, goiko hiru solairu eta teilatupea izan arren, hasieran dorre txiki bat besterik ez zen. Dorreaz gain, ondo lerrokatutako bi horma aurkitu ziren ekialdean, sarrerako defentsa sistemakoak izango zirenak. Iturrien arabera, XIV. mendean Azkoitiko herria sortu zenean, jada bazegoen dorrea eta, hasiera-hasieratik, protagonismo handia izan zuen herriko biztanleriaren antolaketan. Gerora, dorrea nabarmen handitu zuten iparralderantz eta mendebalderantz eta, altuera handia izango zuela uste da, hiribildutik kanpo eta Azpeitira zeraman Errege bidearen ondoan zegoenez, defentsa izaera gorde behar baitzuen hark. Historian zehar izan dituen hainbat handitze eta eraberritze lanek garbi islatzen dituzte herriak bizi izandako gorabehera historikoak. Horrela, jatorrizko izaera defentsibotik etxebizitza izatera bilakatu zuen.
Horiek eta askoz gehiago dira gure herrian egindako arkeologia ikerketak eta, beraz, jasotako emaitzak. Azken hamarkadetan hondakin interesgarri asko azaleratu badira ere, are gehiago izango dira oraindik aurkitzeke dauden aztarnak. Horregatik, ezkutatuta edo betiko galduta zirudiena argitara ematen jarraitu beharra dago, gure sustraiak ezagutaraziz, nor garen, nondik gatozen eta nora goazen jakiten jarraitzeko.
